А между тем порты и морские пути подвергались нападениям турецко-германского флота, с которым российский не справлялся. Остро стояла задача разрешить эту проблему. Вместе с тем в перспективе, считалось, — недалекой, маячила задача овладения проливами Босфор и Дарданеллы. Грозою русского флота были германские крейсеры «Гебен» и «Бреслау», обладавшие превосходством в скорости, а первый из них и исключительной мощью. Противник обладал и новым морским вооружением в виде довольно многочисленных подводных лодок, средства борьбы с которыми были еще плохо отработанными. Подлодки нападали в основном на бесконвойные или слабо конвоируемые транспортные суда и с середины 1915 г. по середину 1916 г. уничтожили 19 русских пароходов транспортной флотилии, предельно ослабили ее и ставили под угрозу полного уничтожения.
А. В. Колчак, приехав в Севастополь из Ставки, принял Черноморский флот от вице-адмирала А. А. Эбергарда быстро, в течение одного дня (6 июля), и весьма своеобразно. Как вспоминал М. И. Смирнов, командовавший прежде в дивизии А. В. Колчака миноносцем и приглашенный им на новое место службы в качестве флаг-капитана флота, «в первый же день прибытия в Севастополь тотчас по вступлении Колчака в командование флотом, было получено известие секретной разведки о том, что крейсер „Бреслау“ вышел из Босфора в Черное море в неизвестном направлении. Адмирал Колчак хотел немедленно выйти с флотом в море для встречи с „Бреслау“, но оказалось, что выход флота в море в ночное время не организован, а также, что выходные фарватеры не протралены и протраление их займет шесть часов времени, поэтому если начать траление на рассвете в три часа, то флот может выйти в море в девять часов утра. Стало ясно, почему, несмотря на прекрасно организованную секретную агентуру, флот никогда не мог выйти вовремя в море для встречи противника, который успевал делать набеги на наши берега. Адмирал Колчак тотчас же дал указания начальнику охраны Севастопольских рейдов организовать ночной выход флота в море с тем, чтобы эта новая организация уже действовала через двое суток, когда мы будем возвращаться с моря. Утром флот Колчак вывел, около 4 часов дня настиг врага на пути к Кавказскому побережью. Приблизившись на 90 кабельтов, флагман-линкор „Императрица Мария“ дал по „Бреслау“ залп, который накрыл его. Противник поспешил выпустить дымовую завесу и, пользуясь быстроходностью, двинулся восвояси, не выполнив задания. Хотя шансов догнать немецкий крейсер у кораблей Колчака не было, он преследовал его до вечера. С этого времени как этот, так и другой немецкий быстро-ходный линейный крейсер „Гебен“, не отваживались выходить в море и нападать на российское побережье. По отработанным на Балтике методам через некоторое время под своим личным руководством Колчак провел минирование Босфора, турецкого побережья, которое затем повторялось, и практически вообще лишил противника возможности активных действий. „Гебен“ подорвался на минах и вообще вышел из строя. Подорвались на минах 6 вражеских подводных лодок.