«Наблюдение за правильностью стрельбы и исправностью земляного бруствера у амбразур; снабжение каждого орудия потребным количеством снарядов и зарядов; ежедневный отчёт в убыли прислуги да требование новой и размещение её по орудиям – вот, изо дня в день, мои занятия на батарее… – вспоминал он впоследствии. – Как я остался цел, и до сих пор понять не могу». 27 мая его контузило осколком бомбы. Несколько дней пролежал в госпитале, а 5 июня вернулся на тот же гласис, теперь уже как бывалый воин.
4 августа, когда на Малаховом шли ежедневные бои, было замечено, что французы приготовили в траншее недалеко от батареи большое количество тур и фашин. Очевидно, неприятель задумал устроить ложемент (небольшое укрепление) поближе к батарее. Командир приказал Колчаку сжечь заготовленные приспособления. Среди дня, под неприятельским огнём, сделать это было непросто. С отрядом солдат Василий Иванович перенёс две небольшие мортиры поближе к французской траншее, укрылся за земляной банкет (невысокую насыпь) и сделал несколько пристрелочных выстрелов. Одна из гранат попала аккурат в кучу тур (больших плетёных корзин для земли), разорвалась, и огонь мгновенно разметался по всей траншее. Заклубились черно-синие облака дыма. Французы попытались забросать огонь землёй, но из-за того же банкета по ним открыли огонь солдаты, вооружённые штуцерами (новейшим стрелковым оружием). Между тем в городе подумали, что пожар вспыхнул на самом Малаховом кургане. На место прибыл начальник штаба князь В. И. Васильчиков. Узнав, в чём дело, он вызвал Колчака и собственноручно повесил ему на грудь знак отличия Военного ордена (солдатский «Георгий»).
Севастополь держался, пока держался Малахов курган. 27 августа, во время последнего штурма, В. И. Колчак был ранен и взят в плен. Над курганом взвилось французское знамя. 28 августа 1855 года русские войска оставили Севастополь.
Вместе с другими пленными В. И. Колчак был отправлен на Принцевы острова в Мраморное море. В октябре того же года, ещё во время плена, его произвели в прапорщики. В марте 1856 года Крымская война закончилась и молодой офицер вернулся на родину.
В ноябре 1898 года в Севастополе проходили торжества по случаю открытия памятника П. С. Нахимову. Было приглашено много участников легендарной обороны, в том числе Василий Иванович. Он вновь увидел знакомые очертания севастопольских бухт, Малахов курган, когда-то залитый кровью и заваленный телами, а теперь покрытый зеленью, всмотрелся в лица боевых товарищей, в его душе вспыхнуло, как вчерашний день, всё далёкое былое – и по возвращении домой он засел за книгу воспоминаний. Живо и интересно написанная, она вышла в 1904 году, к 50-летию начала севастопольской обороны. [7] В это время уже шла осада Порт-Артура.
После Крымской войны Василий Иванович окончил двух-годичный курс в Институте корпуса горных инженеров и был командирован для практики в уральский город Златоуст.
Дальнейшая судьба В. И. Колчака связана с Обуховским сталелитейным заводом – с самого начала работы этого предприятия в 1863 году.