В. Колчак составил краткое описание яхты «Заря», детально охарактеризовал ее, как тип корабля, предназначенного для плавания во льдах, но не вполне надежного. В дальнейшем Александр Васильевич обстоятельнее займется теорией и практическими проблемами кораблес-троения и в этой сфере деятельности достигнет существенных результатов. Одним из практиче-ских результатов полярных экспедиций и плодом последующей кабинетной работы Колчака явилось издание в 1906 — 1908 гг. четырех карт. В 1907 г. в переводе Колчака был опубликован труд датского физика и океанографа М. X. К. Кнудсена «Таблицы точек замерзания морской воды». В 1909 г. Колчак опубликовал монографию «Лед Карского и Сибирского морей». «Основанием для этого исследования, — поясняет он в предисловии, — служат наблюдения над льдом в Карском и Сибирском морях, а также в районе Ледовитого океана, расположенном к северу от Новосибирских островов, произведенные Русской полярной экспедицией в течение 1900, 1901, 1902 и 1903 гг. Он не успел довести до издания другую монографию — о картогра-фических работах Российской полярной экспедиции, и еще некоторые научные работы.
А. В. Колчак мечтал об открытии северного морского пути и вносил вклад в его подготовку. Но он и ранее, и особенно после столь неудачно закончившейся для России войны буквально разрывался между полярными, научными исследованиями и военно-морским делом. Острые проблемы военного строительства в России влекли его все больше.
По окончании срока прикомандирования к Академии наук А. В. Колчак приступил к офицерским обязанностям в Морском Генштабе (с 1906 г. А. В Колчак был начальником статистического отдела, а с 1909 г. — отдела по разработке стратегических идей защиты Балтики.). А они теперь оказались обусловленными тем, что Колчак, как и многие офицеры, тяжело переживал позорное поражение и фактическую гибель флота в войне. Но в отличие от большинства других он тщательно продумывал пути и способы возрождения и реорганизации флота. Колчак, можно сказать, не по чину оказался вдруг одной из ключевых фигур в этом деле. Его талант засверкал новыми гранями. Как генератор идей и организатор, он проявляет большую волю, оказывает влияние не только на офицерскую молодежь, но и на ветеранов флота, его адмиральский эшелон. Между двумя войнами — русско-японской и первой мировой — Колчак все определеннее выступает в роли воссоздателя и реформатора военно-морского флота России. По инициативе его единомышленников, молодых офицеров, создается Петербургский военно-морской кружок. Члены этого кружка добились полулегального признания и определенной поддержки со стороны морского министра. В Николаевской морской академии группе было предоставлено помещение, кое-какие средства. Колчак вслед за лейтенантом А. Н. Щеголевым и капитаном 2-го ранга М. Римским-Корсаковым долгое время был председателем этого кружка, будучи капитан-лейтенантом, и лишь позднее, в разгар этой работы, 13 апреля 1908 г. ему присваивается звание капитана 2-го ранга. В 1907 г. в своем кружке, переведенном в Морской Генштаб, А.