В то же время он лично и его Совет министров требовали соблюдения на местах законности.
В разгоравшейся гражданской войне обе стороны действовали жестоко. Партизаны истребляли милиционеров, офицеров и солдат, часто убивали представителей земских управ. Белые карательные отряды поступали так же. Сводки, донесения с мест пестрят сообщениями об ограблениях, убийствах мирных жителей. Так, в Татарском уезде партизаны за 1 — 8 сентября 1919 г. убили 41 мирного жителя и служащего госучреждений.
Отряд П. К. Лубкова в Томской губернии грабил почтовые отделения и сжигал волостные помещения. Взрывались десятки мостов и железнодорожные пути. Терпели крушения не только воинские эшелоны, но и пассажирские поезда. В сводке Особого отдела департамента милиции за время с 1 января по 15 июля 1919 г. зафиксированы убийства: должностных лиц — 71, чинов милиции — 101, военных — 244, частных лиц — 2535, истязаний и пыток — 46. А также: ограблений казенных учреждений — 67, частных учреждений — 119, частных лиц — 341, поджогов — 38, крушений поездов — 24 и т. д. В целых районах действия властей да и жизнедеятельность населения оказывались парализованными.
В Сибири и на Урале, в других районах еще до прихода к власти Колчака сформировались и начали свою деятельность различные органы, призванные бороться с большевистским подпольем. Чаще всего они создавались при военных округах, войсковых соединениях, частях и именовались «военным контролем», «контрразведкой», даже «разведкой». Назначались «уполномоченные по охране государственного порядка и спокойствия» в тех или иных районах (губерниях, группах уездов, отдельных уездах и т. д.). Нередко в одних и тех же населенных пунктах таких органов было по два и более. При Колчаке идет процесс некоторого упорядочения этих охранных и секретных служб. Органы военного контроля в тылу постепенно переводились из военного ведомства в систему министерства внутренних дел. 7 марта 1919 г. Верховный правитель утвердил постановление Совета министров об учреждении при Департаменте милиции МВД «Особого отдела государственной охраны» и соответствующих управлений на местах (губернских, уездных и т. д.), работающих в контакте с местными органами власти, параллельно с милицией, а порой и совместно с ней. В губерниях (областях), уездах создавались отряды особого назначения, правда, эта работа затянулась и на местах практически так нигде и не была завершена. Эта система госохраны была открытой. Что же касается контрразведывате-льной службы, то она во многом была законспирирована. Управление ею было сосредоточено в Ставке, при Главном штабе. Существовали специально разработанные положения и инструкции. В них учитывался опыт дореволюционной России. В первые месяцы в этих органах работали преимущественно армейские офицеры. В дальнейшем, особенно при Колчаке, в эти органы стали привлекаться опытные контрразведчики, жандармские, полицейские генералы и офицеры. Как отмечали участники антиколчаковского подполья, им действовать, конспирироваться становилось все труднее.
И все— таки размах антиправительственного движения становился настолько мощным, что ни контрразведка, ни госохрана с ее отрядами особого назначения, ни милиция с ним справиться были уже не в состоянии.