Получив весть о благоприятном решении вопроса, Колчак стал срочно готовиться к поездке в Порт-Артур, куда ему было приказано явиться.
В самом начале марта он выступил с докладом на общем собрании Восточно-Сибирского отдела Императорского географического общества.
В дни подготовки к отъезду в Порт-Артур Александр Васильевич Колчак сочетается браком со своей невестой Софьей Федоровной Омировой.
Софья Федоровна родилась в Каменец-Подольске в 1876 г., т. е. двумя годами позже своего жениха. Как писал сын Александра Васильевича и Софьи Федоровны — Ростислав, его мать была «сложной крови».
Отец ее, которого Колчак лично не знал, происходил из семьи священника и был действи-тельным тайным советником — гражданским генералом. В Каменец-Подольске он служил начальником Казенной Палаты — крупным чиновником. Умер он еще не будучи старым, в ожидании назначения на пост губернатора Подольской губернии, которой фактически уже управлял.
Мать Софьи Федоровны была дочерью генерал-майора, директора Лесного института Ф. А. Каменского. Среди их предков числились обер-гофмейстер барон К. В. Миних, брат вельможи генерал-фельдмаршала графа Б.-Х. А. Миниха и генерал-аншеф М. В. Берг — выходцы из Германии. Софья воспитывалась в Смольном институте, была весьма образованной девушкой, знала семь языков, из которых французский, английский и немецкий превосходно. Волевая, с независимым характером. Возможно, это в дальнейшем и сказалось на ее отношениях с мужем.
По договоренности с Колчаком они должны были пожениться после его возвращения из первой экспедиции, длившейся несколько лет. Но задуманное пришлось отложить до окончания второй экспедиции. С. Ф. Омирова приехала с острова Капри, из Италии, в Петербург, а оттуда с отцом Колчака Василием Ивановичем добралась в Иркутск. Оттуда она, как рассказывала сыну, на оленях и собаках отправилась навстречу жениху в Устьянск, к Ледовитому океану. Вместе вернулись в Иркутск (по другим версиям, встретились лишь в Иркутске). В Госархиве Иркутской губернии (в фонде духовной консистории Градо- Иркутской Михайло-Архангельской (Харлампиевской) церкви сохранилась запись о бракосочетании 5 марта 1904 г. А. В. Колчака с Софьей Омировой. Читаем: «Звание, имя, фамилия, отчество и вероисповедание жениха, и который брак» — «Лейтенант флота Александр Васильев Колчак, православный, первым браком, 29 лет»; «Звание, имя, отчество, фамилия и вероисповедание невесты, который брак» — «Дочь Действительного Статского советника, потомственная дворянка Подольской губернии София Федоровна Омирова, православная, первым браком, 27 лет». Далее значится: «Кто совершил таинство: — Протоиерей Измаил Ионнов Соколов с диаконом Василием Петелиным. Кто были поручители: — По жениху: генерал-майор Василий Иванович Колчак и боцман Русской полярной экспедиции, шхуны „Заря“ Никифор Алексеевич Бегичев. По невесте: подпоручик Иркутского Сибирского пехотного полка Иван Иванович Желейщиков и прапорщик Енисейского сибирского пехотного полка Владимир Яковлевич Толмачев.
Подписи: Протоиерей Измаил Соколов Диакон Василий Петелин».
Молодая жена со свекром отправилась в Петербург, а ее муж 11 марта — в Порт-Артур.
По прибытии туда во второй половине марта 1904 г.