Я перестал работать над этим делом и начал читать лекции в Морской академии, которая была тогда образована. Я читал лекции несколько месяцев и решил, что лучше вернуться к научной работе».
Колчак по-прежнему остро интересовался проблемами севера, северного морского пути, входил в одноименную комиссию. Как уже отмечалось, он продолжал научные исследования. Главное гидрографическое управление морского министерства возглавлял генерал-майор А. И. Вилькицкий, являвшийся также полярным исследователем, хорошо знавшим А. В. Колчака. Он рассматривал вопрос об исследовании и открытии Великого Северного пути из Атлантического в Тихий океан.
Проявлял к этому интерес и Совет Министров России. На заседании Совета Министров 7 апреля 1908 г. было признано необходимым «в возможно скором времени связать устья Лены и Колымы с остальными частями нашего Отечества как для оживления этого обширного района Северной Сибири, отрезанного ныне от центра, так и для противодействия экономическому захвату этого края американцами, ежегодно посылающими туда из Аляски свои шхуны для меновой торговли с прибрежным населением».
А. И. Вилькицкий, поддержанный правительством, решил организовать экспедицию и сделал А. В. Колчаку предложение включиться в ее подготовку и быть в числе руководителей. Колчак принял это предложение. Продолжая службу в Генеральном штабе, он вместе с Ф. А. Матисеном разработал проект экспедиции и подал его Вилькицкому. В нем важное место отводилось использованию стальных судов ледокольного типа, причем не таких, как «Ермак». Тот рассчитан был на ломку льда. Но океанский полярный лед никакое судно ломать, колоть было не в состоянии. Целесообразней была конструкция, рассчитанная на раздавливание льда, с использованием для этого веса корабля. Опыт участия в экспедициях, изучение недостатков конструкций яхты «Заря» и «Ермака», построенного по идее и под руководством С. О. Макаро-ва, натолкнули Колчака и его друзей на мысль о постройке кораблей типа «Фрама» Ф. Нансена. Но в противоположность «Фраму» новые корабли должны были иметь стальной корпус. Это была идея того типа ледокола (фактически «ледодава»), которая легла в основу ледокольного флота в последующем и находится на вооружении кораблестроителей поныне.
Проект Колчака был одобрен. Он добился освобождения в Морском Генштабе и причисле-ния к Главному гидрографическому управлению. 26 апреля 1909 г. Колчак выступил с докладом «Северовосточный проход от устья реки Енисея до Берингова пролива» в Обществе изучения Сибири и улучшения ее быта. Докладчик рассказал об экспедициях В. Беринга, Ф. П. Врангеля, П. Ф. Анжу, Н. А. Норденшельда, Ф. Нансена, Э. В. Толля, остановился на физико-географи-ческой и метеорологической обстановке, условиях навигации и требованиях, предъявляемых к судам. Информация и суждения его были восприняты и оценены по достоинству. К нему все определеннее «прилипало» почтительное призвание «Колчак-полярный».
Еще будучи генштабистом и позднее А. В. Колчак исключительно большое внимание уделяет подготовке экспедиции, особенно конструированию и строительству ледокольных судов.