Сходный конфликт затем произошел на миноносце «Новик», но командующему удалось его уладить. Возник прецедент со старшим помощником капитана Севастопольского порта генерал-майором береговой службы Н. П. Петровым. Его обвиняли в корыстных злоупотреблениях. Советом, состав которого сильно изменился, была создана комиссия, которая потребовала от командующего флотом ареста этого генерала. Колчак отказал, заявив, что даст санкцию на арест официальному следствию, если оно в процессе расследования дела выявит действительные признаки преступления. Конфликт разрастался. Петров без санкции Колчака был арестован, что означало игнорирование мнения командующего. Одним словом, возникла именно та ситуация, при которой, как ранее предупре-ждал Колчак, он откажется от руководства флотом. 30 мая на линкоре «Георгий Победоносец» А. В. Колчак в своеобразном дневнике — набросках писем своей подруге А. В. Тимиревой писал: «Позорно проиграна война, в частности кампания на Черном море, и в личной жизни нет того, что было для меня светом в самые мрачные дни, что было счастьем и радостью в самые тяжелые минуты безрадостного и лишенного всякого удовлетворения командования в послед-ний год войны с давно уже витаемым гнетущим призраком поражения и развала… Не знаю, насколько это справедливо, но мне доказывали, что только я один в состоянии удержать флот от полного развала и анархии, и я заставил себя работать…
До сего дня мне удавалось в течение 3-х месяцев удерживать флот от позорного развала, сохраняя дисциплину и организацию. Сегодня на флоте создалась анархия и я вторично обратился к правительству с указанием на необходимость моей смены. За 11 месяцев моего командования я выполнил главную задачу — я осуществил полное господство на море, ликвидировав деятельность даже неприятельских подлодок».
Чувствуется не которая удовлетворенность положением на флоте, своей работой, но огромная тревога за общее положение в стране, на фронте и за будущее Черноморского флота…
В конце мая речь уже идет о вторичном заявлении Колчака об отставке. Первый раз оно было сделано именно в связи с инцидентом с генералом Петровым. О мотивах просьбы об отставке Колчак говорил следующее: «Состав совета изменился. Верховский оттуда ушел; часть людей, с которыми я работал в согласии, ушли и заменились другими, и таким образом прервалась всякая связь у меня с этим советом. Я перестал бывать там, они перестали приходить ко мне. Взвесивши все эти обстоятельства, я признал по совести, что дальнейшее мое командование флотом является совершенно ненужным, и что я могу по совести сказать, что я больше не нужен совершенно».
А. Ф. Керенский (к тому времени — военный и морской министр) в ответ на заявление об отставке сообщил, что считает ее нежелательной, просил подождать до его приезда в Севастополь и сказал, что надеется на устранение трений. Керенский прибыл в Одессу. Колчак отправился туда на встречу с отрядом миноносцев, доставил Керенского в Севастополь, а затем — обратно в Одессу. Это зафиксировано записью Колчака от 20 мая, по возвращении в Севастополь, Следовательно, министр Керенский находился в Севастополе в середине мая.