Новой резиден-цией Верховного правителя и его правительства был намечен Иркутск. Сам же А. В. Колчак с отъездом медлил. Более того, он принял решение отходить вместе с войсками и дожидался их подхода, полагая, что присутствие военного вождя при действующей армии пойдет ей на пользу, а значит, и всему делу.
Одной из определяющих причин такого решения было стремление Колчака предотвратить захват кем-либо (челословаками, союзниками или партизанами) золотого запаса. Предложение генерала М. Жанена передать золотой запас под охрану войск западных союзников Колчак решительно отверг, заявив, что пусть лучше он достанется большевикам, но останется в России, чем будет увезен за границу. И на самом деле; Жанен был всего лишь генерал в своей стране, и обеспечить полную гарантию сохранности ценностей он и при желании был не в состоянии. Все ценности были погружены тайно, ночами, в специальный эшелон с госпитальными знаками Красного Креста, и его охрана ждала часа отправления. Среди специальных грузов был и вагон с собранными вещами царской семьи и вещественными уликами об их преднамеренном убийстве. По поручению Колчака генерал Дитерихс доставил эти вещи во Владивосток, а там их погрузили на английский крейсер «Кент».
В армии после крупных неудач на Урале вызревала оппозиция (и уже не «гайдовская», чисто военно-карьерная), а собственно политическая, главным образом в лице командующего 1-й Сибирской армии (до того — корпусом) генерал-лейтенанта А. Н. Пепеляева. В момент реорга-низации фронта, образования указанной армии и его нового назначения 21 июля, Пепеляев направил письмо Гайде, уезжавшему в Сибирь, надо полагать, в расчете на ознакомление с его содержанием Верховного правителя. Пепеляев указывал на тяжелое положение армии, ее разложение, иссякающую поддержку ее населением. Он предлагал ряд мер по выходу из создав-шейся ситуации, в центре которых было торжественное объявление «о созыве Учредительного собрания». В последующих разговорах с Главнокомандующим фронтом М. К. Дитерихсом, другими генералами Пепеляев выдвигал требование созыва уже теперь земского собора и т. д. Сначала тайно, а потом и явно генерал блокировался со старшим братом, министром внутренних дел В. Н. Пепеляевым. Колчаку обо всем этом стало известно, хотя само письмо Гайде, возможно, так в его руки и не попало.
28 июля А. В. Колчак направил А. Н. Пепеляеву письмо по поводу его позиций, содержания разговора с генералом М. К. Дитерихсом, состоявшегося между ними в Тюмени. Колчак соглашался с фактом разложения армии, выражая вместе с тем надежду на ее оздоровление, он по-прежнему выражал идею созыва Национального Учредительного собрания, но полагал, что для его избрания время не созрело, в том числе и по причине ухудшения положения и в войсках, и в целом в регионе и стране. «Я считаю немедленный созыв Учредительного собрания помимо фактической невозможности „немедленно“ это сделать, гибелью всей огромной и успешной в общем борьбы с большевизмом. Это будет победа эсеровщины, того разлагающего фактора государственности, который в лице Керенского и К° естественно довел страну до большевизма».